人在国内怎么更新日本签证？
1. 日本驻华使领馆官网有明确的更新规定，如果符合条件可以自己去申请更新；
2. 如果自己不确定或者懒得跑使领馆的，可以直接找一些大型的留学或移民中介帮你搞定（费用大概300-500人民币左右）注意是「签证」的更新、不是「在留资格认定书」的更新（后者需要申请人自行送交）；
3. 很多做旅游团和代购的卖家可以提供代办签证服务给顾客，费用大概几百到几千不等，看签证种类的不同而有差异。
补充一点关于题主描述的问题：
1. 原则上来讲，只要你的护照还在有效期内，那么不管签证是否过期你都还可以进入日本。当然你入境的时候海关官员可能会就你的签证状况询问，这时候你要做好解释工作并随身携带好过期的签证原件以备查验(如果你在日本居留超过1年并且持有永住者/日本人配偶等长期居留签证的话甚至可以不用带原件)。
2. 在日本的签证到期之后，你可以选择在日本延期居留。但是根据日本法务省的有关规定，持在留期间为6个月以下的短期签证来日的人士不允许延期，所以如果你持有的就是此类180天以下有效期签证的话就只能离境了。
3. 关于是否可以再次获得入境许可的问题，答案是不一定的。原则上来说如果你是因为个人原因（比如旅行、度假）而不是因为商务、访问、探亲等原因而逾期居留导致签证失效的话，日本法务省会参考当时的情况而决定是否给你签发再次入国的许可。但是如果你的逾期居留时间太长，比如超过半年以上，那么即使你有回国证明也没有多大的用处。
4. 持在留资格认定书赴日的外国人一旦离开日本再想要重新入境就比较困难了。除非你是以留学为目的而拿到了「留学生」在留资格的外国人，那么你可以在取得该在留资格认定书的3年之内任意次数出入日本。